از آن جایی که محور اصلی فعالیتهای مگا بر اجرای پروژه قرار گرفته است، ساختار سازمانی شرکت به صورت ماتریسی طراحی شده است تا امکان استفاده همزمان از نظام مدیریت پروژهای و نظام مدیریت وظیفهای میسر گردد. جهت تقویت بنیان های پروژه محور، ساختاری منعطف برای سطوح مختلف شرکت طراحی شده و اصل تفویض اختیار و غنی سازی شغلی در راستای ارتقاء سرمایه انسانی در طراحی های انجام شده مورد توجه قرار گرفته است. ساختار سازمانی مگا و نحوه ارتباط ارکان آن با یکدیگر در نمودار زیر ترسیم شده است.